A Foz da Ribeira de Almargem é uma lagoa remanescente de um antigo estuário que existiu nesta região, pelo menos até a época romana. Com o decorrer do tempo, este estuário foi se deteriorando, devido ao assoreamento constante, causado pela acumulação de sedimentos transportados pela Ribeira do Almargem. 

Quando a lagoa está totalmente inundade, pode alcançar até 830 metros de comprimento por 185 metros de largura, porém nunca ultrapassa os 5 metros de profundidade. Na parte sul, perto do mar, o cordão dunar litoral arenoso forma uma barreira natural que impede que a água da lagoa escoe livremente para o mar. No entanto, em certas ocasiões, como durante marés muito altas ou tempestades fortes, o mar pode invadir a lagoa, rompendo essa barreira e a água do mar mistura-se com a água doce, renovando parcialmente a lagoa. As margens da lagoa do Almargem estão confinadas por pequenas elevações formadas por arenitos e conglomerados fracamente consolidados, pertencentes à unidade das Areias de Quarteira de idade Pleistocénico superior. Esta unidade forma pequenas arribas litorais a este e oeste, da Foz do Almargem que estão em forte erosão costeira com recuos medidos em metros por ano.

A existência humana nesta região data de milhares de anos. Há milénios, as comunidades locais moldaram a paisagem através da agricultura tradicional, criando pomares, hortas e áreas de pastoreio. Essas atividades tiveram um impacto significativo na fauna e flora da região, auxiliando na definição do ecossistema actual desta lagoa.